萊莎的煉金工房2中將扮演三年后的萊莎，再次與伙伴們一同踏上探尋遺跡的冒險旅途，具體各個章節通關流程如下。
古代菲爾弗薩現身
解決掉怪物后眾人發現這里全部都是古代菲爾弗薩怪物要比正常魔物強上許多，跟隨任務點前進眾人覺察到遺跡中可能有機關，寶箱中可以獲得神木枝。
異世界之門再現
傳送到悠久祠堂跟隨任務點前進眾人發現了通往遺跡深處的道路，進入遺跡后安佩爾告訴大家這里應該是為了阻止菲爾弗薩的侵略建造的。
巨龍遺跡的結晶
跟隨任務點來到遺跡深處眾人見到了能讓菲恢復魔力的水晶，在要吸取的時候BOSS出現進入BOSS戰。
龍中遺跡
萊莎等人確定了這是這是一座遺跡，跟隨任務點調查這座遺跡，風暴之主和游歷騎士需要擊敗區域BOSS，戒指和鎧甲在寶箱中獲得。
荒野巨龍
跟隨任務點前進，眾人發現一幅巨龍骨架，眾人決定靠近查看，跟隨任務點前進眾人被一塊骨頭攔住去路，到達最深處后眾人發現這里其實是一座遺跡部落。
前往北方大地
前往咖啡館澤菲娜告訴了萊莎關于北方大地遺跡的事，再次制作大樹樹苗，前往通往北方大地的懸崖使用大樹樹苗。
迷霧遺跡水晶
前往遺跡深處后BOSS迷霧蜥蜴出現，蜥蜴弱雷多使用技能和道具破防即可輕松擊破，打敗BOSS后菲再次吸收水晶的光芒。
霧氣籠罩的遺跡
到達遺跡后前往任務點，到達后眾人被垂耳兔攔住去路消滅垂耳兔，完成探究筆記激活指南針，復活的靈獸是小BOSS，巨大花朵用手杖采集即可。
前往懸崖的對面
原來新的遺跡隱藏在地下少女的墓地，前往此處跟隨任務點前進，到達后發現懸崖無法通過。
短暫休息
返回王都后博斯前來拜訪并將下一處遺跡的線索告訴了萊莎，一段時間過后沃爾卡先生送來了新的委托，需要制作3個60品質以上的爆破用炎燒，制作并交付。
沉睡的巨像
大門打開后巨像BOSS出現，危機關頭蘭托將眾人救下并加入隊伍，返回大門進行BOSS戰。
火焰機關
進入遺跡后眾人發現道路都被樹根擋住，收集記憶微粒解開探索手冊中的太陽大門獲取陽炎結晶的配方，返回煉金工房制作陽炎結晶，使用陽炎結晶后樹根被燒毀，上鎖的大門打開。
前往地下遺跡
跟隨任務點前進，進入礦坑后萊莎等人到達廢棄礦車軌道遺跡，遺跡深處萊莎等人見到一扇上鎖的大門，將地圖上的五個燭臺全部點亮后大門打開。
重逢與通往礦山之路
萊莎等人與蘭托重逢并得知礦山的消息，萊莎邀請蘭托一同前往卻遭到了拒絕。
到達最上層
前往被鎖住的房間，通過傳送門萊莎等人到達了一個未知的房間并發現一塊巨大水晶。
恢復記憶吧
為了幫助星之民恢復記憶需要前往北、西、東三個方向尋找能讓他恢復記憶的東西(順序隨意)。
花蕾的真相
跟隨任務提示前往被淹沒的下層街道尋找記憶微粒，回到煉金工房后學會瑪那液體的制作方法，返回滿天星斗的上層街道將瑪那液體澆到花朵上，前往三個方向找回記憶。
前往湖底遺跡
跟隨任務點的指引前往湖底遺跡，進入被淹沒的下層街道后向上游，眾人觸摸光圈后被傳送到滿天星斗的上層街道，房間內有一朵巨大的花蕾。
新的遺跡
回到王都后前往布告欄接取工作，到工房觸發劇情塔奧來拜訪說想要去一趟溪谷遺跡，閱讀書籍后學會了空氣糖的制作方法。
前往遺跡最深處
消滅魔物后萊莎等人發現前往遺跡深處的大門已經打開，前往遺跡深處進入BOSS戰，擊敗BOSS后出現一個寶箱，寶箱打開后出現一疊紙和一個哨子。
不會響的大鐘
打開探究手冊完成五條線索激活記憶微粒，運氣手杖、戰地護身符和無倦首飾通過調查寶箱獲得。
翠綠綢帶
三人一同前往任務點，到達后發現一個寶箱。萊莎正要打開寶箱時巨型雙翼飛龍出現了。
前往神秘地下遺跡
離開悠久祠堂返回起源森林，跟隨任務圖標經過菌傘濕地到達風車溪谷，到達后二人用之前獲得的鑰匙打開遺跡大門，進入遺跡后指南針和菲產生了變化。
未知的生物菲
萊莎回到煉金房看見寶石發生了反應，原來寶石是一枚蛋并且生出了一個未知生物，萊莎為其起名為“菲”。
闖入古代遺跡
到達遺跡后繼續前進，任務點獲得記事本和古式神器，前往遺跡深處，到達深處后萊莎的寶石開始發亮。
前往遺跡
跟塔奧和帕蒂順利會合后跟隨地圖指引前往海風街道，這次萊莎等人要前往的是王都附近的五個遺跡其中之一，位于街道北側的森林深處。
這就是煉金術
帕蒂沒聽說過煉金術還把萊莎當成了可疑人物，前往海風街道采集材料讓帕蒂見識一下煉金術。
重逢與邂逅
到達了咖啡廳萊莎覺得博斯和塔奧已經變成了都市人，塔奧告訴萊莎王都附近有許多神話，探尋神話需要萊莎的煉金術，這也是此前塔奧邀請萊莎的原因。
抵達王都
抵達王都后萊莎險些迷路，幸虧遇到了博斯和塔奧，跟隨任務點前往北邊的農業區跟南邊的工匠區，最后三人決定前往常去的店聊一聊。
冒險再起
庫肯島的生活平和又悠閑，一天夜里莫里茨請求萊莎調查“彩虹寶玉”，萊莎帶著委托前往塔奧等人所在的王都。
